HAN, BioCentre Help jij ons met het maken van een online Bioinformatica toolbox?
Binnen het HAN Biocentre worden veel Bioinformatica analyses uitgevoerd. Dit klinkt ingewikkeld, maar denk aan dingen zoals stukjes genetische code terugvinden via Blast (een soort tekst-zoeken dus), voorspellen waar genen beginnen in een genoom (ORF-finder) en het analyseren van "wet-lab" sequencing data (dus ruwe data uit het laboratorium omzetten naar bruikbare informatie). Met een sequencer meten we hoeveel (en welke) verschillende stukjes DNA of RNA in biologische monsters zitten. Er zijn individuele tools voor de losse taken, maar HAN Biocentre werkt aan een mooie en intuïtieve GUI om al deze tools beschikbaar te stellen aan onze eindgebruikers. De ISS-tool is via een webinterface makkelijk te benaderen. Via de GUI kunnen meerdere programma's uitgevoerd worden, de resultaten bekeken worden, en worden vervolganalyses ingezet. Je gaat werken aan de webinterface, de connecties met Docker-containers voor de individuele programma's (via Redis) en het valideren van de applicatie.
Naar wie zijn wij op zoek?
Gelukkig is al veel software beschikbaar en is deze vrij te gebruiken omdat het ‘open source’ is. Uiteraard vertellen wij je welke tools geïmplementeerd moeten worden. De programmeeromgeving die wij gebruiken is Python3 (Ubuntu Linux LTS 24.04), waarbij Django wordt ingezet om een GUI te maken die via een browser benaderd kan worden. Binnen onze ICT-infrastructuur werken wij met een virtuele image waarin de applicatie ontwikkeld wordt. In deze virtuele omgeving heb je toegang tot grafische kaarten (CUDA) die wij inzetten om de nodige berekeningen te versnellen. Daarnaast kunnen databases (wij werken met Postgres) makkelijk toegevoegd worden en vinden wij het versnellen van applicaties, bijvoorbeeld door parallellisatie of multithreading, erg belangrijk. Gevraagde vaardigheden: -Werken met Linux -Python3 -Django -Redis -Docker -CUDA -SQL databases (Postgres) -Virtualisatie -Nauwkeurig werken -Aandacht voor details -GUI ontwerpen en verbeteren -Teamplayer -Leergierig
Wat biedt het bedrijf?
Binnen het HAN BioCentre hebben we altijd meerdere stagiairs werken (HBO en MBO). Jullie zitten bij elkaar in een gezellige werkkamer, waarbij er sprake is van een ongedwongen sfeer. Lekker bijkletsen tijdens koffiepauzes is geen probleem. Elkaar vragen stellen en belangstelling tonen voor elkaars werk ook niet. Natuurlijk houden we er rekening mee dat je een MBO stagiair bent. Je komt in een team met jonge mensen en dat is prettig werken. Je hebt een dagelijkse begeleider en daarnaast heb je ook een onderzoeker die je helpt met de software en alles wat daarbij komt kijken (hoe de software werkt, wat erin moet, wat eruit komt, etc.). Uiteraard is de hoeveelheid werk die je kunt verrichten afhankelijk van het aantal stage-uren dat je hebt. Wij verwachten dan ook niet dat 1 stagiair de gehele opdracht kan uitvoeren. Er is altijd overleg mogelijk. Neem gerust contact met mij op als je nog vragen hebt.
Wat ga je leren?
- Realiseert software
- B1-K1-W1 Stemt opdracht af, plant werkzaamheden en bewaakt de voortgang
- B1-K1-W2 Maakt een technisch ontwerp voor software
- B1-K1-W3 Realiseert (onderdelen van) software
- B1-K1-W4 Test software
- B1-K1-W5 Doet verbetervoorstellen voor de software
- Voert ICT-projecten uit
- B1-K2-W1 Werkt samen in een projectteam
- B1-K2-W2 Presenteert het opgeleverde werk
- B1-K2-W3 Evalueert de samenwerking
lees verder